Razlikujemo više vrsta voda koje se koriste u farmaceutskoj industriji zbog toga što različite primjene zahtijevaju različitu čistoću odnosno kvalitetu vode. Voda koja je sastojak preparata koji se direktno unosi u organizam (injekcije, infuzije, itd) mora zadovoljiti daleko strožije kvalitativne zahtjeve.
Različite farmakopeje (pripreme lijekova) navode različite vrste pročišćene vode koja se koristi za proizvodnju lijekova. Tako se npr. prema Europskoj farmakopeji, pročišćena voda koristi za izradu lijekova za koje se ne zahtjeva da budu sterilni i apirogeni, ukoliko nije drugačije propisano. S druge strane, visoko pročišćena voda (purificirana) je vrsta vode koja se koristi u izradi svih ljekovitih proizvoda za koje je potrebna voda visoke biološke kvalitete (sterilno).
Osim kao direktan sastojak farmaceutskih lijekova i preparata, voda se koristi i kao servisni medij (grijanje, hlađenje, pranje, itd) te ju je sukladno zahtjevima procesa potrebno odgovarajuće kondicionirati.
Kao rezultat proizvodnje iz procesa nastaju industrijske otpadne vode koje sadrže supstance koje je potrebno ukloniti prije ispuštanja u javni kolektor ili prirodni recipijent.
